Cyanogen チームによると、CyanogenMod 10.1 から 12.1 のソースにすでにStagefright の対策パッチが適応されているとのこと。
CM 12.1については 8 月 14 日（デバイスによっては 15 ）のビルドからパッチが適応されたROMになっているようです。
同時に DefCon / Blackhat で発見されたバグも修正されているとのこと。
また、今月末までにCM 11.0とCM 12.0、そしてCM12.1の、バグ修正等を行った新しい安定版を公開する予定のようです。
情報元
stagefright: Don't crash on invalid / null AVCC atoms in MKV