Googleの配布しているファクトリーイメージをフラッシュするとストレージが少なく認識されてしまうことがあるようです。だいたいこいつのせい→userdata
で、私もNexus 6 64GBが32GBモデルになったので面倒ですがサクッと直しました。
その他Nexusシリーズもuserdata関連で容量がおかしくなった場合はこの方法で治ると思います。
コマンド
fastboot format userdata
fastboot format cache
fastboot reboot
※実行するとNexus 6が完全に初期化されます。
Macでファクトリーイメージを焼くとほぼ確実に容量がおかしくなる気がするのですが気のせいですかね。