CyanogenMod 12（以下CM 12）でRoot権限の仕様に変化がありました。
今までのCM 12、そして現行公式ビルドされているCyanogenMod 11ではスーパーユーザーというシステムに組み込まれたRoot管理アプリが付属していましたが、最新のCM 12のコードではスーパーユーザーが削除されていました。
しかしRoot権限そのものが消えたわけではなく、Root権限管理はプライバシーガード設定に移動したようです。プライバシーガードは位置情報や電話帳読み取りを防ぐApp OpsをベースにしたCMの機能で、危険な権限そのものを無効にできるので信頼できる管理機能ですね。
アプリを実行すると一番上の写真のようにRoot Access Askになり、許可をすることで今まで通りにRootアプリを利用可能になります。
今までより厳格に、より安全にRootアクセスの管理が行えるようになったのは嬉しいです。
Source：http://review.cyanogenmod.org/#/c/83759/